ในอดีต พื้นที่ตั้งวัดปากน้ำฝั่งใต้ เป็นที่ราบลุ่ม น้ำท่วมถึงในฤดูฝน
ปัจจุบันได้รับการปรับปรุงพื้นที่วัดให้สูงขึ้น น้ำท่วมไม่ถึง ที่ผ่านมา
มีประตูทางด้านหน้าทางทิศตะวันออกตรงข้ามกับสถานีตำรวจนครบาล
บางเสาธงเพียงประตูเดียว ต่อมาได้จัดซุ้มประตูเพิ่มอีก ๑ ซุ้ม
ทางด้านทิศตะวันออกของวัด ถัดจากซุ้มประตูเดิมไปเล็กน้อย

       วัดปากน้ำฝั่งใต้ ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมา
  เมื่อประมาณ พ.ศ.๒๕๒๕ และทางวัดได้มีการบูรณะ 
  มาโดยตลอด โดยเฉพาะในยุคของเจ้าอาวาสองค์ปัจจุบัน
  มีการสร้างและบูรณะเสนาสนะหลายรายการ

   ประกอบด้วย
   - สร้างซุ้มประตูวัดเพิ่มอีก ๑ ซุ้ม
   - สร้างกำแพงรอบวัด
   - สร้างศาลาประดิษฐานพระพุทธรูป
   - สร้างรูปเหมือนของอดีตเจ้าอาวาส
   - สร้างรอยพระพุทธบาทจำลอง
   - บูรณะศาลาการเปรียญ
   - บูรณะอุโบสถ วิหาร หอสวดมนต์
   - สร้างโรงเรียนพระปริยัติธรรม
   - สร้างเตาเผาศพไร้มลพิษ
   - ปรับปรุงฌาปนสถานศาลาบำเพ็ญกุศล
   - และบูรณะกุฏิ